Bajo otra denominación, el CD El Ejido Futsal nació hace 20 temporadas gracias a la labor de un grupo de aficionados que consiguieron llevar al club desde el campeonato provincial hasta la división más alta del fútbol sala español (campañas 90-91 y 98-99). Durante los últimos años, el club, refundado en el 2012, protagonizó una reestructuración íntegra que permitió al equipo escalar de Tercera a Segunda ‘B’ y asentar las bases de un proyecto a largo plazo. En 2020, y tras una temporada sobresaliente que culminó con la consecución del campeonato, el cuadro celeste certificó su regreso a Segunda División, categoría que disputó por última vez en 1993 bajo su anterior nombre deportivo.